打造云端基因测序华为云持续赋能生物信息产业

随着我国人民生活水平的提高,人们对医疗保健的需求也在不断增长,这也为技术创新、跨界融合以及商业模式创新提供了源源不断的新动力。基因行业在这种时代的大背景下应运而生,并且已经在产前检测、肿瘤检测、药物研发等精准医疗领域发挥着重大的作用。

基因技术被认为是改变未来的技术之一,也是开启生命数字化的基石。正是基于这一点,具有前瞻性的公司在探索生命数字化,用个体化的基因数据去精准掌握个体健康状况,制定干预措施,指导个体保持良好的健康状态。

GCS服务为华大基因提供了全自动化测序分析能力,通过生物信息流设计器,再复杂的业务也可以编排到一个流程中,一键搞定测序任务;针对国内生信人设计的流程控制语法,结构简练、易懂,既满足了流程编写的易用性,同时也保证了流程迁移的方便性;流程热力图提供非常直观的方式,随时了解测序进展,精确掌握资源消耗走势,指导优化方向;支持条件判断,可根据判断条件,选择执行分支,满足企业复杂流程的管理的需要。

GCS还提供私有云版本,线下实现全部线上功能,线上线下功能和环境一致,用户使用习惯一致;天然打通线上线下形成容器混合云,容器镜像自动同步,资源、应用统一管理运维;单集群超大规模,满足客户超大规模数据中心诉求;独立解耦,不绑定底层基础设施,广泛支持各类虚拟化方案:VMware、OpenS tack、FusionSphere等;支持独立的租户系统,并可与客户租户系统对接;3种容器网络方案:Overlay L2,Underlay OVS,Underlay IPVLan,同时兼容Calico,全面覆盖各类容器网络场景;全面的运维体系,监控、日志持久化存储,告警对接用户告警系统(SMTP、SMS),7乘24小时专业运维支持。

香港民建联副秘书长颜汶羽表示,习主席的讲话给香港打下强心针,显示出国家是香港的最强后盾。香港社会有序运作是所有市民的期望,止暴制乱更是急市民所急。

此外,GCS(基因容器服务)提供一键式生信分析平台,支持多资源混合调度、简单易用、精细化控制资源利用率。云容器引擎(CCE)和云容器实例(CCI)支持多种资源(计算、存储和第三方软件)混合调度,帮助业务全流程容器化改造,同时可精细化控制资源利用率和一键重现历史分析流程

不断赋能生信企业拓展高附加值业务。其中大数据能力,通过计算存储分离、内存及分布式缓存、智能调度,大数据性能提升40%,成本降低50%;人工智能能力,通过作业群组管理、拓扑感知的亲和性调度,GPU线性加速比提升35%,降低人工智能50%训练时间;鲲鹏算力,整型计算+多核契合测序分析,Minimap2软件在鲲鹏920下性价比领先同代x86处理器20%。

全国人大常委会委员谭耀宗表示,习主席希望“香港社会各界人士团结一致,共同推动香港发展重回正轨”,这是语重心长地为香港的未来指明方向。他说,虽然香港受到暴乱的影响,但中央对香港的支持及主要政策方针不会变,这体现了国家的制度自信。

具体到基因测序,在数据收集阶段,华为云基因测序解决方案提供多通道完成本地-云和云-云间的数据交互,实现低成本、高可靠、一站式传输、多级防护、访问隔离。华为云提供云专线(DC)、数据快递服务(DES)、对象存储迁移服务(OMS)和云迁移服务(CDM)等多种传输服务,可实现本地机房-公有云和公有云-公有云的数据交互,同时提供API、SDK和第三方工具等帮助业务人员设置存储空间访问策略、MD5一致性校验和账户管理等,保证交互过程安全可靠、简单易用和数据一致。

以2013安徽省考A卷第三题为例,假设某市总工会领导阅读了“资料7”后,拟在全市制造业中开展“蓝领创新”活动,请以“XX市总工会”的名义,代写一分倡议书。该题所对应的材料没有引导性的语句,所以我们需要围绕的“蓝领创新”这一主题进行编写。开头参考如下:我市企业取得了快速发展,但创新力不足日益成为我们工作的瓶颈。为了全市企业的可持续发展,为了给广大职工提供更好的发展空间,现决定开展“蓝领创新”活动,希望全市企业及职工朋友们,爱岗敬业,积极创新。

2018年,华为云全球首家推出了以Kubernetes为基础的基因容器服务GCS,基于轻量级的容器技术,结合大数据、深度学习算法,为测序厂商提供了灵活可定制的测序流程、秒级可伸缩的高可靠资源和便捷一站式用户体验,让基因测序数据的计算更省、更快、更轻松。

如上所述,华为云基因测序解决方案提供了标准架构与持续创新,提供标准的高性能计算架构,满足本地机房与公有云无缝对接的需求,同时推出一键式生信分析平台帮助快速部署生信流程,提升测序分析效率和降低综合成本

比如如何在高峰快速响应最终客户?测序业务一般为项目型,有明显淡季和旺季之分,旺季业务量可能是淡季的10倍以上,本地资源不足以支撑峰值资源需求。

基因测序是测序仪将不可视化的生物信息转换为可视化的文本信息,依托计算、存储和网络等IT资源,利用生物信息算法对文本信息进行分析和研究。这时一个强有力的IT基础设施必不可少。华大基因与华为云展开积极合作,顺利实现上云,实现了自动化测序分析能力。

华大基因就是这样的公司。华大集团成立于1999年,是全球领先的生命科学前沿机构。秉承“基因科技造福人类”的使命,怀抱“健康美丽,做生命时代的引领者”的愿景,华大集团以“产学研”一体化的发展模式引领基因组学的创新发展。

港区全国人大代表、香港立法会议员马逢国表示,相信特区政府会尽最大努力止暴制乱,为香港经济、教育等领域的长远稳定发展,营造一个良好的社会环境。他呼吁,爱国爱港力量要全力以赴,携手共克时艰。

相较于传统的租车和出行平台,凹凸出行凭借颠覆性的私家车车源供给,为用户提供更个性化的出行体验;秉持精细化的运营理念,让用户体验足不出户便可享受用车上门的便捷服务;人工智能不断深化应用的过程中,将持续优化平台的服务及运营体系。目前,凹凸出行集团旗下囊括以长短租业务为主的“凹凸租车”、专注分时租赁的“凹凸共享车”,以及车险用户出险后可以一键预约的“凹凸出险代步车”等业务子品牌,还将业务延伸至代驾包车、UBI保险、汽车金融、车后市场、综合生活类服务等领域,凭借其颠覆式车源供给和精细化运营高效匹配供需两端,打造基于车辆全生命周期的运营服务平台。

香港经民联主席卢伟国认为,习主席的讲话重申了中央的立场,强调坚定维护国家主权、安全、发展利益,并且会坚持“一国两制”方针,同时更警告所有外部势力,休想借机干涉香港事务进而牵制中国发展,反中乱港分子最终会徒劳无功。

随着5G商用的落地、无人驾驶、新社交、产业互联网等新业态的不断发展,一大批拥有真正科技力量的企业正在不断赋能我们的未来,改善生活的方方面面。以此次获奖的凹凸出行为例,成立于2014年的凹凸出行,是一家“轻资产”平台,凹凸出行不拥有实体车辆,其整合和利用的是闲置的私家车资源,在不增加城市基础运力负荷的前提下,通过提高车辆的使用效率,增加城市运力供给,减少交通拥堵,日益尖锐的城市出行矛盾正在被缓解。

借助GCS,华大基因打通了上云流程。目前华为云与华大基因完成超过300万核时计算,平稳运行超过100天,实现了环境快速部署;按需使用,应对业务波动;高并发,2万核资源池;弹性释放,节约30%成本;保留用户习惯,兼容SGE命令行。

如何快速共享、可靠存储和挖掘数据潜在价值?基因测序部分业务依赖大量样本数据,数据积累过程中需存储设备高可靠,且一定时间内无数据访问需求,因此数据的存储成本和管理成本日益凸显,数据存储的投入产出比较低。

华为云基因测序解决方案提供完整的测序流程细粒度管理能力,同时提供云上云能力,便于用户定制领域云平台。此外,还提供业界主流第三方引擎编排能力,如Cromwell、SGE等。

香港自由党副主席邵家辉指出,圣诞节即将来临,但市面气氛受暴力事件影响持续低迷。特区政府应抓紧时间,正视问题严重性,尽快推出针对性措施。相信有国家作强劲后盾,大家团结一致,香港经济及社会就能重回正轨。

随着生命科学技术的发展,基因测序也呈现了新的发展特征。比如标准化,基因测序需要确保其结果的严谨和可重复;行业规模化,基因测序技术已广泛应用于医疗、农业、食品等多个领域,未来将呈现井喷式增长;平台化,测序公司除了面向科研单位、制药公司和医疗机构提供服务外,还可为保险、农业、IT等多个行业提供增值服务;亲民化,测序技术不断更迭,成本呈现超摩尔定律的下降,从“天价”下降至千美元,普通消费者均可享受技术红利。不过这些变化也给基因公司的IT建设带来了极大的挑战。

香港岛各界联合会会长蔡毅表示,相信在中央的坚定支持下,特区政府能够解决社会深层次问题,尽快带领香港社会走出困局。

此外,基因公司的不同发展阶段也对IT架构有着不同的需求,起步阶段是单点服务器,企业成长期是集群部署,市场业务扩张期则是本地集群与云的混合部署。作为一个新的行业,基因测序的IT人员匮乏,专业的人做专业的事,IT建设应该交给专业的人负责。

在数据交付阶段,华为云基因测序解决方案提供快速交付高速通道,简化操作,安全可靠。华为云提供云硬盘(EVS)、弹性文件服务(SFS)和对象存储服务(OBS)等多种类型的云存储服务,通过多级可靠性架构,保障数据持久性高达99.9999999999%(12个9),业务连续性高达99.995%,其中对象存储提供标准、低频和归档类型,存储成本最低可达0.033元/GB/月。

2015年12月至2017年4月,杨洪举任成都市委副秘书长,市城市管理委员会党组书记、主任,市城管执法局局长;2017年4月至2017年6月,任成都市城市管理委员会主任;2017年6月至2019年2月,任成都市城市管理委员会巡视员;2019年2月,退休。(完)

香港友好协进会副秘书长卢瑞安表示,习主席的讲话反映出中央对香港一如既往的支持,也是在为特殊时期的香港鼓劲打气。香港市民更应团结一致,共同恢复香港经济发展。

如何轻资产运营?按全年均值/峰值配置IT资源,一次性投入大、固定资产投入高、总成本高、建设周期长且出现资源闲置,容易出现资金链断链影响公司整体运营,且3-5年后老旧设备需更新换代。

正是这样的实力,华为云不断赋能行业。例如武汉希望组&未来组联手华为,提升基因测序效率。武汉未来组采用Kunlun超大内存裸金属服务器,承载重楼百合150G基因组装;打通线下数据生产平台与云端高性能计算平台之间的网络链路,使得线下产生的数据可以快速上传到云端,从而进行后续的分析。数据达到云端后,根据项目需求,在控制台申请足够规模的弹性云计算资源,快速完成项目。

“给定资料3”的第一段内容如下:为了全面推进大学生心理健康教育工作,S大学举办了以“迎校庆、健心灵、献爱心、促成长”为主题的第六届“心理健康节”活动。这段内容很好的引出了“心理健康节”活动这一话题。我们可以直接将这段话内容进行稍微的转化就能变成文章开头。开头参考如下:大家好!贵校为了全面推进大学生心理健康教育工作,举办了以“迎校庆、健心灵、献爱心、促成长”为主题的“心理健康节”活动。下面请允许我谈几点体会。

华为云基因测序解决方案架构/来源:华为云官网

如何提升解读效率?大部分业务软件开源,软件运行过程中未匹配合适的IT资源,导致相同业务流的资源负载不均衡,最终导致IT资源浪费、有效利用率低下,从而影响总体成本竞争力,如30X的WGS测序耗时从6小时到40小时不等,测序分析耗时长。

在医疗健康行业升级的大背景下,基因测序需要融合更多的技术手段来达到更高的精准度和科学性,华为云基因测序解决方案释放云+AI+5G的强大动能,帮助生信企业降本增效,实现行业的智能化升级。

如果材料中并没有提供与主题有关的问题、问题、背景等要素,那么开头部分就需要我们自己围绕主题进行简要编写。

在基因测序的流程中,需要庞大的算力支持。从某种意义上说,生命科学的研究竞赛,很多时候已经变成了一场算力的比拼。基因测序对算力的需求都是波动的,同时对于不同生物的基因组,需要的算力也不同,这就会牵扯到计算集群的扩缩容,但传统的线下计算集群无法实现快速扩缩容,这也凸显了云计算的便利性。总之,业务上云已经成为当下基因公司的必然选择。

从以上挑战,我们可以看到采用云的IT资源交付形式对于基因公司而言可谓是“雪中送炭”。基因测序分为数据收集、测序分析(基因转换、基因拼接、基因比对、基因注释)、数据交付(数据归档/分发)等阶段对于IT资源规格的需求也是多样化,有的阶段注重算力分析,有的阶段注重可靠存储。

具体到华大基因,过去计算资源比较紧张,在使用峰值时,任务经常需要排队等候;同时科技服务有很多复杂基因组,客户需要借助不同规格的计算资源,所以云计算提供的灵活性是最好的选择。经过选型,华大基因最终选了华为云。

香港广东社团总会永远荣誉主席梁亮胜表示,习主席的讲话是对特区政府团队以及建制派阵营的信任、肯定和鼓励,对稳定香港局势、安抚社会人心起到重要的积极作用。中央对香港形势的评估也是在告诉香港社会,中央绝对不会放任香港形势恶化,会继续支持特区政府止暴制乱。

《大公报》发表社评认为,国家领导人重申坚定支持特区政府依法施政、支持警方严正执法的同时,明确指示特区政府抓紧时间研究解决香港深层次矛盾与问题。有关讲话高屋建瓴,信息量很大,既要求特区政府止暴制乱、尽快恢复秩序,更要求标本兼治,为香港长治久安指明方向。

即将到来的2020年是我们迈入21世纪的第20个年头,这是一个传统行业秩序被不断挑战的时代,也是新势力突破自我实现社会价值的一个过程,其中出行领域也经历着前所未有的产业巨变。正如凹凸租车联合创始人&CEO陈韦予之前所说:“汽车即服务(Car as a Service – CaaS)时代即将来临。当你可以越来越便捷地触达到车辆,汽车将不再是一项资产,而转变成一种服务——可以碎片化购买使用时间,并延展到出行以外的综合类生活服务。凹凸出行正以轻资产+物流+大数据,致力成为全球领先的虚拟汽车服务商。”

港区省级政协委员联谊会会长施荣怀认为,中央贯彻“一国两制”方针的决心坚定不移,反对任何外部势力干涉香港事务的决心坚定不移,这些清晰有力的信息,鼓励着香港各界人士团结一致建设好这座城市,“希望全社会少一些怨气,多一些鼓励,释放建设家园的正能量”。

在测序分析阶段,华为云基因测序解决方案公有云HPC可无缝移植本地IDC架构,提供高性能计算实例、简化存储流程。华为云提供了提供C3(通用计算增强型)、M2(内存优化型)、H1(高计算型Ⅰ代采用10GE网络)、H2(超高计算型Ⅱ代采用100G InfiniBand网络)高计算型等规格的ECS计算实例,匹配不同的测序分析流程对计算和存储的配比需求;按照专属物理服务器方式提供卓越的计算性能,无虚拟化损耗,具备良好的性能优势,用户可通过管理控制台实现裸金属服务器的自动化发放,满足组装/拼接业务对大内存节点的需求。

以2014年国考副省级第三题为例,“给定资料3”介绍了S大学举办“心理健康节”活动的情况,假如你是该省教育厅的一名工作人员,全程观摩了这次活动,校方请你在这次活动总结会上发言,请草拟一分简短的发言稿。

香港《文汇报》发表社评指出,在香港面对回归以来最严峻复杂挑战的大背景下,习主席再次充分肯定行政长官和警队的工作表现,继续为特区政府提振士气,鼓舞香港人心。习主席重申三个“坚定不移”,显示中央对香港问题的立场和态度一以贯之;同时,习主席对特区政府、警队和香港各界今后工作提出明确要求和清晰指引,激励特区政府和全港市民共同努力止暴制乱、恢复秩序,推动香港战胜危机、早日重回发展正轨。